La due diligence fiscal es donde las sorpresas más caras suelen esconderse. No porque el vendedor actúe necesariamente de mala fe, sino porque las empresas medianas españolas acumulan, con el paso de los años, criterios contables discutibles, deducciones que se han aplicado porque "siempre se ha hecho así", y operaciones vinculadas que nunca se documentaron porque nadie pensó que alguien fuera a revisarlas. Cuando llega el equipo fiscal del comprador con acceso al data room, esas acumulaciones se convierten en contingencias cuantificables que afectan directamente al precio.
En una operación española de tamaño medio, las contingencias fiscales identificadas en la due diligence representan en promedio entre el 3% y el 8% del valor de empresa. En operaciones donde el target ha operado en sectores con tratamiento fiscal complejo (inmobiliario, financiero, estructuras de grupo) ese porcentaje puede ser significativamente mayor. Esta guía explica qué revisa un equipo de due diligence fiscal, por qué lo revisa y cómo los hallazgos se traducen en mecanismos contractuales en el SPA.
El marco temporal: cuatro años que determina el artículo 66 LGT
El punto de partida de cualquier due diligence fiscal es el plazo de prescripción. El artículo 66 de la Ley General Tributaria establece que el derecho de la Administración a liquidar la deuda tributaria prescribe a los cuatro años, contados desde el último día del plazo voluntario de declaración. Para una operación que se cierra en el segundo trimestre de 2026, los ejercicios no prescritos son 2022, 2023, 2024 y 2025 (si ya se ha presentado la declaración del IS del ejercicio 2025, que normalmente no estará presentada).
Cuatro años es el marco estándar de revisión. Sin embargo, existen situaciones en que el equipo fiscal recomienda ampliar el alcance:
Bases imponibles negativas (BINs). El artículo 26.5 LIS establece que el derecho a comprobar las BINs que se pretendan compensar prescribe a los diez años contados desde el fin del plazo de presentación de la declaración en que se generaron. Si la empresa tiene pérdidas fiscales pendientes de compensar generadas hace más de cuatro años —lo que es habitual en empresas que atravesaron dificultades durante la crisis de 2008-2013—, el comprador hereda el riesgo de que esas BINs sean cuestionadas en una inspección futura. La documentación de los ejercicios en que se generaron, aunque hayan prescrito desde el punto de vista ordinario, sigue siendo relevante.
Inspección en curso o interrupciones de prescripción. Si la AEAT ha iniciado un procedimiento de comprobación o inspección, el plazo de prescripción se interrumpe desde la notificación del inicio. En estos casos, el periodo a revisar puede extenderse más allá de los cuatro años estándar, y el comprador necesita entender exactamente qué ejercicios están bajo examen y cuál es el estado actual del procedimiento.
Operaciones de reestructuración en los últimos cuatro años. Las operaciones acogidas al régimen especial de neutralidad fiscal del Capítulo VII del Título VII LIS (fusiones, escisiones, aportaciones de activos, canjes de valores) tienen un periodo de revisión potencial más largo porque la Dirección General de Tributos puede cuestionar la aplicación del régimen si no concurre motivo económico válido. Si el target ha realizado alguna de estas operaciones en los últimos cuatro años, la documentación del motivo económico válido es crítica.
Impuesto sobre Sociedades: más allá de la declaración
El análisis del Impuesto sobre Sociedades (modelos 200) es el eje central de la due diligence fiscal. Pero el trabajo no consiste en verificar que los modelos están presentados: consiste en entender si el resultado fiscal declarado es correcto, si las deducciones aplicadas son defensibles y si la base imponible refleja la realidad económica de la empresa.
Ajustes extracontables
El resultado contable que aparece en la cuenta de resultados no es directamente la base imponible del IS. La empresa aplica ajustes extracontables positivos (que incrementan la base imponible respecto al resultado contable) y negativos (que la reducen). El equipo de due diligence analiza cada ajuste significativo para determinar si está correctamente aplicado.
Los ajustes positivos más frecuentemente cuestionados son los relacionados con la deducibilidad de gastos. El artículo 15 LIS establece que no son deducibles, entre otros, las retribuciones de los fondos propios (dividendos encubiertos como gasto), los gastos derivados de actuaciones contrarias al ordenamiento jurídico, los donativos y liberalidades, o los gastos que no guarden correlación con la actividad de la empresa. La práctica habitual de incluir gastos personales del socio como gasto de la empresa —seguros de vida privados, vehículos de uso privado sin tributar como retribución en especie, gastos de viaje personales— genera un ajuste positivo que la empresa debería haber practicado y no siempre ha hecho.
Deducciones aplicadas en la cuota
La Ley del IS contempla un catálogo de deducciones para incentivar determinadas actividades: I+D+i (artículo 35 LIS), inversiones en producciones cinematográficas, creación de empleo, inversiones en determinadas zonas (Canarias, Ceuta, Melilla). Las deducciones son legítimas si los requisitos formales y materiales están cumplidos, pero son un foco frecuente de inspección cuando las cantidades son significativas.
El equipo de due diligence verifica que las deducciones aplicadas tienen soporte documental suficiente: informes técnicos que acrediten el carácter innovador de los proyectos de I+D+i, certificaciones de la CDTI cuando se ha optado por ese cauce, facturas que justifiquen las inversiones que generan la deducción. Una deducción aplicada sin documentación suficiente es una contingencia real, no potencial: si la AEAT la regulariza, el resultado es una deuda tributaria con intereses de demora del 4,0625% anual (tipo vigente en 2026) más, en su caso, recargo o sanción.
Bases imponibles negativas pendientes
Las BINs son el activo fiscal más frecuentemente sobreestimado en operaciones de M&A. El vendedor las presenta como un activo que el comprador puede usar para reducir futuras cargas fiscales, y eso es cierto en principio, pero hay varias limitaciones que el comprador debe analizar con cuidado.
Primero, la limitación cuantitativa del artículo 26.1 LIS: la compensación de BINs está limitada al 70% de la base imponible previa a la compensación (50% para empresas con importe neto de cifra de negocios superior a 20 millones de euros). Segundo, la limitación cualitativa ante cambios de control: el artículo 26.4 LIS establece que no pueden compensarse BINs cuando, tras un cambio de control, la sociedad adquirida no realice una actividad económica en los tres meses siguientes al cambio, o cuando la actividad sea notoriamente escasa. Tercero, la documentación: las BINs generadas hace más de cuatro años pueden ser revisadas durante los diez años siguientes, lo que significa que si la documentación de los ejercicios en que se generaron no está disponible, son una contingencia, no un activo.
IVA: la deducibilidad que parece obvia y no siempre lo es
El IVA es el segundo foco de contingencias en due diligence fiscal. La lógica del impuesto es aparentemente sencilla —el empresario deduce el IVA soportado en sus adquisiciones y lo repercute en sus ventas— pero las excepciones a esa lógica son numerosas y frecuentemente ignoradas por empresas sin un asesor fiscal riguroso.
Operaciones exentas y prorrata
Cuando una empresa realiza simultáneamente actividades sujetas a IVA y actividades exentas del impuesto (arrendamiento de viviendas, servicios financieros, seguros, actividades sanitarias o educativas), no puede deducir el 100% del IVA soportado. Debe aplicar la regla de prorrata, que limita la deducción al porcentaje que representan las operaciones sujetas sobre el total de operaciones.
En empresas que combinan actividades sujetas y exentas —holdings con participaciones en filiales que realizan operaciones financieras, empresas sanitarias con servicios gravados y exentos— la prorrata puede ser una fuente significativa de contingencias si ha sido aplicada incorrectamente o no aplicada en absoluto.
Autoconsumos
El artículo 9 LIVA establece que el cambio de afectación de bienes del patrimonio empresarial al patrimonio personal del sujeto pasivo (o viceversa) constituye un autoconsumo sujeto a IVA. En la práctica, los autoconsumos son frecuentemente ignorados: cuando la empresa cede al socio un vehículo de empresa para uso privado sin repercutir IVA, o cuando retira bienes del inventario para uso propio, está generando un autoconsumo no declarado.
Importaciones y operaciones intracomunitarias
Las empresas con actividad internacional tienen obligaciones adicionales: declaraciones de operaciones intracomunitarias (modelo 349), aplicación correcta del criterio de inversión del sujeto pasivo en determinadas adquisiciones de servicios, y gestión del IVA en importaciones. Los errores en estas áreas son frecuentes en empresas que han iniciado actividad internacional sin adaptar sus procedimientos administrativos.
Retenciones: el pasivo oculto en las nóminas
Las retenciones de IRPF que la empresa practica sobre los rendimientos que paga a terceros —empleados, administradores, profesionales, propietarios de inmuebles arrendados— son una obligación formal cuyo incumplimiento genera consecuencias tributarias tanto para el pagador como para el perceptor.
Retribuciones de socios-administradores
Las retribuciones de los socios que ejercen funciones de administración son el área de mayor riesgo en empresas familiares medianas. Las cuestiones que el equipo de due diligence revisa son:
- Si el socio-administrador percibe retribuciones por sus funciones de administración, estas deben estar contempladas en los estatutos sociales (artículo 217 LSC) y haber sido aprobadas por la junta general. Si no lo están, la deducibilidad fiscal es cuestionable.
- Si el socio-administrador percibe retribuciones por trabajos distintos de la administración (director general, director financiero), la existencia de una relación laboral de alta dirección o una relación mercantil debe estar documentada con contrato.
- El tipo de retención aplicado debe ser el correcto según las circunstancias personales del perceptor.
Retribuciones en especie
Los seguros de vida contratados en favor del empleado, el uso privado de vehículos de empresa, los préstamos a tipo inferior al interés legal del dinero, las opciones sobre acciones, el pago de escuelas de idiomas o guarderías: todas son retribuciones en especie que deben valorarse conforme a las reglas del artículo 43 LIRPF, incluirse en la base de retención y declararse. La práctica habitual de no tributar estas retribuciones es una contingencia real: si la Inspección de Trabajo las detecta, la empresa debe ingresar las retenciones no practicadas más intereses y, en su caso, sanciones.
Retenciones sobre alquileres y servicios profesionales
La empresa que arrienda inmuebles en el ejercicio de su actividad y paga renta a un propietario persona física tiene obligación de practicar retención. Lo mismo aplica a honorarios de profesionales independientes que emiten factura con IRPF. El incumplimiento es frecuente en empresas sin departamento de administración organizado, y es una contingencia típica de due diligence fiscal de empresas medianas.
Precios de transferencia: el área más sofisticada y más ignorada
Si la empresa tiene operaciones económicas con entidades vinculadas —filiales, matrices, sociedades participadas por el mismo socio, operaciones con el propio socio— el artículo 18 LIS exige que esas operaciones se realicen a valor de mercado y que estén documentadas conforme a las obligaciones del artículo 18.3 LIS y el Real Decreto 634/2015 (Reglamento del IS).
Documentación obligatoria
La obligación de documentación depende del volumen de operaciones vinculadas. Para grupos con importe neto de cifra de negocios superior a 45 millones de euros, es obligatorio el Informe Maestro (Master File) y el Informe Local (Local File). Para grupos de menor tamaño, la documentación simplificada puede ser suficiente, pero la obligación de documentar subsiste.
El equipo de due diligence busca, en primer lugar, si existe documentación de precios de transferencia. En la mayoría de las empresas medianas que han operado en estructuras de grupo, la respuesta es no. Esa ausencia no significa necesariamente que las operaciones vinculadas se hayan realizado a precios incorrectos —a veces se ha aplicado el precio de mercado intuitivamente— pero sí significa que, ante una inspección, la carga de la prueba recae sobre la empresa para demostrar que los precios son conformes a mercado, y esa es una posición débil.
Operaciones vinculadas más frecuentes en empresas medianas
- Alquiler de inmueble al socio: La empresa arrienda una nave o local propiedad del socio mayoritario. Si el alquiler está por encima o por debajo del precio de mercado, hay una operación vinculada no a valor de mercado.
- Préstamos entre sociedades del grupo: Sin interés o a tipo inferior al de mercado, generan un ingreso implícito para el prestamista que no se ha declarado.
- Servicios de gestión o management fees: La sociedad holding factura servicios de gestión a las filiales operativas. Si los servicios no son reales o el precio no está justificado, son una contingencia fiscal tanto para la holding como para las filiales.
- Garantías: Si una sociedad del grupo avala operaciones de otra sin cobrar una comisión de aval conforme a mercado, hay una operación vinculada no documentada.
El riesgo de ajuste de inspección en operaciones vinculadas no documentadas no es teórico: la AEAT ha intensificado sus actuaciones en esta área desde 2018, y en el Plan Anual de Control Tributario de 2025 las operaciones vinculadas figuran expresamente como foco prioritario.
Prescripción y sus trampas
El plazo de cuatro años del artículo 66 LGT parece claro, pero tiene trampas relevantes que el equipo de due diligence debe conocer.
Interrupciones de la prescripción
El artículo 68 LGT enumera las causas de interrupción del plazo de prescripción: cualquier acción de la Administración conducente al reconocimiento, regularización, comprobación o liquidación del tributo, notificada al obligado tributario. Esto significa que una simple notificación de inicio de un procedimiento de comprobación limitada interrumpe el plazo y lo reinicia desde cero.
El comprador debe verificar, para cada ejercicio dentro del periodo de prescripción estándar, si ha habido alguna actuación de la AEAT que haya interrumpido el plazo. Un procedimiento de comprobación limitada sobre el IVA del ejercicio 2021 que se inició en 2024 significa que ese ejercicio sigue estando vivo en 2026, aunque en condiciones normales ya hubiera prescrito.
Los diez años para las BINs
Como se ha indicado, las BINs tienen un plazo de comprobación de diez años desde el fin del plazo de presentación de la declaración del ejercicio en que se generaron (artículo 26.5 LIS). Esto significa que si la empresa tiene BINs generadas en 2016, el comprador hereda el riesgo de que sean objeto de comprobación hasta 2027. Si la documentación de contabilidad y fiscal del ejercicio 2016 no está disponible, la BIN es un activo de valor incierto.
Las cinco contingencias fiscales más frecuentes en España
Con base en nuestra experiencia en operaciones de M&A en el mercado español, estas son las cinco contingencias que aparecen con mayor frecuencia en procesos de due diligence fiscal:
1. Gastos del socio no deducibles deducidos como gasto empresarial. El impacto típico en una empresa con 3 millones de euros de facturación puede ser de 30.000 a 80.000 euros en cuota de IS no ingresada más intereses. La contingencia es real aunque el vendedor no haya actuado con dolo: simplemente “se hizo siempre así”.
2. Operaciones vinculadas sin documentación. Especialmente alquileres de inmuebles al socio y préstamos entre sociedades del grupo. El ajuste que puede practicar la AEAT afecta a la base imponible de IS de ambas partes de la operación, con el consiguiente efecto multiplicador.
3. IVA indebidamente deducido. En operaciones mixtas donde se han deducido el 100% del IVA soportado sin aplicar la prorrata correspondiente, o en adquisiciones que afectan parcialmente a usos privados. El impacto puede ser significativo en empresas con inversiones en activos fijos de cierto volumen.
4. Retenciones no practicadas sobre retribuciones en especie. Seguros de vida, vehículos de empresa con uso privado no tributado, opciones sobre acciones no valoradas correctamente. El impacto incluye las retenciones no practicadas más intereses y, frecuentemente, sanciones por falta de ingreso.
5. Bases imponibles negativas sin documentación de soporte. Generadas en ejercicios que ya han prescrito desde el punto de vista ordinario (más de cuatro años) pero que siguen siendo comprobables por la Administración durante diez años. Si la documentación no está disponible, la BIN puede ser rechazada en inspección.
Cómo se reflejan las contingencias fiscales en el SPA
Una vez que el informe de due diligence fiscal ha cuantificado las contingencias identificadas, el paso siguiente es trasladarlas a mecanismos contractuales en el contrato de compraventa (SPA).
Los tres mecanismos más utilizados son:
Ajuste de precio directo. Para contingencias cuantificadas con certeza razonable y cuya materialización es probable. El precio se reduce en el importe de la contingencia. El vendedor puede resistir esta opción para contingencias inciertas, donde existe discrepancia sobre la probabilidad de que la AEAT las regularice.
Indemnización específica fiscal (tax indemnity). El vendedor se compromete a indemnizar al comprador si la empresa es objeto de una liquidación fiscal por hechos anteriores al cierre, hasta un importe máximo acordado y durante un periodo de tiempo definido (habitualmente, hasta que prescriban los ejercicios en cuestión más un margen). La tax indemnity es el mecanismo preferido para contingencias reales pero de materialización incierta.
Escrow fiscal. Una parte del precio queda retenida en una cuenta de garantía durante el periodo de prescripción de los ejercicios revisados, disponible para compensar eventuales liquidaciones de la AEAT. El coste financiero del escrow —el dinero que el vendedor no recibe hasta la liberación del importe— es la prima de riesgo que el comprador le transfiere.
La negociación entre comprador y vendedor sobre la due diligence fiscal es, en esencia, una negociación sobre la distribución del riesgo fiscal histórico: quién asume qué probabilidad de que la AEAT regularice qué contingencia, con qué límite máximo y durante qué periodo.
Para una visión completa del proceso de due diligence desde la planificación hasta la negociación, consulte la guía de fases del proceso de due diligence. Para entender cómo se relaciona la due diligence fiscal con los demás tipos de análisis, consulte la guía sobre tipos de due diligence.
En BMC, el equipo de compliance fiscal y de precios de transferencia trabaja de forma integrada con los asesores de M&A para garantizar que los hallazgos fiscales se cuantifican correctamente y se reflejan en condiciones contractuales que protegen al comprador. Si está evaluando una operación de adquisición en España, solicite una consulta inicial sobre el alcance y los plazos de la due diligence fiscal.
La planificación fiscal post-adquisición —la optimización de la estructura fiscal del grupo una vez cerrada la operación— es el paso siguiente una vez que la due diligence ha identificado el mapa de contingencias y el SPA ha distribuido los riesgos entre las partes.
